Valdes rozpoczął karierę w nocnych klubach w Hawanie w latach 40. Inspirację czerpał z amerykańskiego jazzu oraz kubańskich i afrykańskich rytmów. W 1948 roku został głównym pianistą i aranżerem w orkiestrze słynnego hawańskiego klubu "Tropicana". W 1960 - rok po przejęciu władzy na Kubie przez rewolucyjny rząd Fidela Castro - Bebo Valdes uciekł do Meksyku, zostawiając na wyspie żonę i pięcioro dzieci. Ostatecznie zamieszkał w Sztokholmie, gdzie założył nową rodzinę.

W Szwecji pracował jako pianista w restauracjach i hotelowych barach. Wciąż także komponował. W 1994 roku, w wieku 76 lat, wydał album "Bebo Rides Again". Płyta tchnęła nowe życie w jego karierę. Zdobył kilka nagród Grammy.

W ostatnich latach swojego życia, Bebo Valdes przeprowadził się do Hiszpanii, ale na miesiąc przez śmiercią wrócił do Szwecji. Jego syn z pierwszego małżeństwa, Chucho Valdes, jest znanym kubańskim pianistą, kompozytorem i aranżerem.