Na świat przyszedł 5 stycznia 1968 roku w Canton, w stanie Ohio. Wychowywał się w trudnej rodzinie, z ojcem cierpiącym na zboczenia seksualne i matką – żarliwą anglikanką. O swoich traumatycznych przeżyciach z dzieciństwa, które wpłynęły na jego dalsze życie Manson opowiada w autobiografii "Trudna droga z piekła".
Studiował dziennikarstwo i pisał do uniwersyteckiego magazynu muzycznego. W 1989 roku przyjął pseudonim Marilyn Manson (połączenie Marilyn Monroe i Charlesa Mansona) i założył zespół Marilyn Manson and the Spooky Kids. Później nazwę grupy skrócono do Marilyn Manson.
Zespół szybko zyskał miano ikonoklastów i nonkonformistów, a teksty śpiewanych przez grupę piosenek, często nawiązujących do tematów religijnych i politycznych, wzbudzały ogromne kontrowersje. Członkowie grupy, z liderem na czele, noszą dziwaczne stroje i makijaż, oraz świadomie szokują zachowaniem zarówno na scenie jak i poza nią.
Marilyn Manson z zespołem nagrali do tej pory osiem albumów studyjnych, z których ostatni - "Born Villain" ukaże się w 2012 roku.
Poza swoją działalnością muzyczną, Marilyn Manson znany jest również jako były mąż aktorki i modelki Dity Von Teese oraz honorowy kapłan Kościoła Szatana - największej organizacji satanistycznej na świecie.